2024年1月，获上海市档案学会高校档案专业委员会“档案学术活动先进集体”称号。

2021年9月，“笺之语——上海交通大学收藏名人手札撷英展”荣获第三批上海市优秀档案文化传播项目。

2019年12月，荣膺上海市人力资源和社会保障局、上海市档案局联合颁发的“上海市档案系统先进集体”称号。

2018年，被评为教育部直属高校档案信息化工作先进单位。

2018年，被评为上海市档案学会高校专业委员会学术活动先进集体。

2016年，“开发利用多媒体资源，服务学校中心工作”案例获得2016年教育部直属高校档案工作优秀案例一等奖。

2014年，完成“高校数字档案馆的成果汇编工作”并收入《2009-2013年上海市档案科研获奖成果汇编》。

2013年12月，获上海市档案局第七届上海市档案馆日宣传月活动暨"经典上海·城市记忆--档案在你身边"影像作品征集活动组织奖。

2013年12月，获上海市档案学会高校档案专业委员会颁发的优秀论文组织奖荣誉证书。

2012年11月，在第六届上海市档案馆日暨“城市新印象·档案见证”宣传月活动中成绩突出，获上海市档案局颁发的荣誉证书。

2012年3月，上海交大档案馆荣获“上海市档案工作先进集体”称号。

2011年10月，荣获2010年度上海市档案学会高校档案专业委员会新闻通讯优秀奖。

2008年，建成全国高校第一家数字档案馆，并获上海市档案科研成果二等奖。

2008年，档案馆荣获全国档案工作先进集体。既是此次部属高校档案馆唯一获得者，又是唯一两次获此殊荣的部属高校档案馆。

2008年，档案馆荣获部属高校档案协会档案工作先进集体。

2006年6月，馆庆新闻报道被上海市档案局评为2006年第二季度全市档案工作优秀新闻一等奖。

2006年，荣获上海市“四五”档案法制宣传教育先进集体称号。

2005年，我校自主开发的《档案信息服务和管理系统》荣获2005年度上海市档案科研成果一等奖和国家档案局优秀科技成果三等奖。

2004年3月，上海交大档案馆荣获“上海市档案系统先进集体”称号。

2003年3月，校档案馆获上海市“三八红旗集体”。

2002年12月，档案馆获上海市档案编研工作先进单位。

2002年12月，交大档案馆参与拍摄的《交大有些老房子》（vcd1--3集）获上海市档案编研优秀成果奖二等奖。

2001年度，我馆在1997-2001年部署高校档案学术交流中成绩突出荣获论文征集工作优秀组织奖。

2001年，“开拓学生爱国荣校教育的新天地”获上海市教学成果三等奖。

2001年，荣获上海市“三•五”档案法制宣传教育先进集体。

1998年，档案馆获学校1997-1998学年校文明单位。

1998年，档案馆获上海市学校档案工作先进集体。

1997年度，校档案管理在上海教委组织的“上海高校档案管理检查评估”中获优秀。

1995-1996年度，荣获上海市“三八”红旗集体。

1995年12月，校档案馆获上海市档案系统先进集体。

1995年11月，全国档案工作先进集体。

1994年12月31日，国家档案局以档函字[1994]141号文批准上海交通大学为“国家一级档案管理”科技事业单位，证书编号是S0016。

1992年12月，《科研档案计算机管理系统》获上海市档案科研成果二等奖。

1991年10月，校档案馆获“上海市档案系统先进集体”。

1986年4月，学校获一九八五年度上海市档案工作先进集体。