早在20世纪90年代初，在学校大力支持下，上海交大档案馆就着手开展档案信息化建设，开发完成的《科研项目档案计算机管理系统》曾获上海市档案科技进步二等奖（一等奖空缺）。

2003年，为适应世界一流大学建设的需要，构建现代大学发展的信息支撑平台，上海交大档案馆先后制定了《上海交通大学档案信息化建设实施意见》（沪交内（档）[2003] 3号）、《上海交大数字档案馆建设方案》，被纳入了学校“985工程”一期建设。

2004年，数字档案馆基础应用系统《上海交大档案信息服务与管理系统》建成并通过鉴定，2005年荣获了国家档案局档案科技进步三等奖以及上海市档案科技进步一等奖。

2005年，数字档案馆建设被纳入学校“985”二期建设计划，2008年底项目建成并顺利通过了由上海市档案局组织的成果鉴定。与会专家一致认为：该系统在我国数字档案馆建设方面达到国内领先水平，在SOA架构应用、资源整合、网络信息采集和在线编研等方面进行了多项创新，为我国数字档案馆建设提供了很好的示范。成为了全国高校第一家数字档案馆。同年，该项目荣获上海市档案科技成果二等奖（一等奖空缺）。

档案贵在于活，重在于用。《上海交通大学数字档案馆》以档案数字化成果为支撑，深化档案服务体系创新，开创了即时性服务、条件性服务、推送性服务、集成性服务、研究性服务和陈展性服务的多维服务模式，为学校历史的记忆和传承，为学校创建世界一流大学的伟大征程起到了独特的作用。

2004年起，我校档案管理实行了纸质文件与电子文件配套归档。截止到目前，馆藏档案应数字化率已达到95%以上。依据国家有关规定，鉴定开放了学校70年的档案全文信息和现行文件以及百年照片档案，数字化档案开放鉴定已纳入日常工作。档案信息已实现校园网上全文信息的查询及远程利用。